Polska – jako lider projektu – przygotowała struktury, których zadaniem jest zarządzanie całością Programu. W ramach Ministerstwa Spraw Wewnętrznych utworzono odrębną komórkę, której celem jest bieżące zarządzanie projektem. Zespół ds. obsługi Programu Współpraca Policji Państw Partnerstwa Wschodniego planuje codzienne działania i czuwa nad ich wartością merytoryczną. Fundacja Fundusz Współpracy, jako podmiot doświadczony we wdrażaniu funduszy unijnych odpowiada za kwestie finansowe. Udział państw beneficjentów w Programie jest bezpłatny; koszty podróży, zakwaterowania oraz diet pokrywane są w ramach budżetu projektu.
W ramach Programu państwa Partnerstwa Wschodniego mają przypisanych partnerów strategicznych: Ukraina zawarła partnerstwo z ministerstwem spraw wewnętrznych Francji, Gruzja z ministerstwem spraw wewnętrznych Republiki Litewskiej, Azerbejdżan z ministerstwem spraw wewnętrznych Niemiec. Armenia i Mołdawia zawarły takie porozumienia z ministerstwem spraw wewnętrznych Polski.
Każde z państw beneficjentów podczas wizyt inicjujących projekt określiło swoje priorytety oraz obszary tematyczne, w ramach których zainteresowane jest szkoleniem oraz wymianą doświadczeń. Państwa będące członkami konsorcjum, również podzieliły się obszarami tematycznymi, zgodnie z ich najszerszymi kompetencjami i szczególnymi doświadczeniami w danym zakresie.
W wyniku prowadzonych rozmów oraz zawartych partnerstw opracowane zostały plany działań szkoleniowych, wizyt studyjnych, zaawansowanych warsztatów i spotkań operacyjnych obejmujące pełen okres realizacji projektu dla wszystkich państw beneficjentów.
Plany działań szkoleniowych podzielone są na główne obszary tematyczne, takie jak:
- Zwalczanie przestępczości zorganizowanej;
- Zwalczanie przestępczości narkotykowej;
- Zwalczanie handlu ludźmi;
- Zwalczanie przestępczości ekonomicznej (korupcja i pranie pieniędzy);
- Zwalczanie terroryzmu i cyberprzestępczości
- Zarządzanie zasobami ludzkimi (standardy),
- Zarządzanie projektami UE
- Kryminalistyka i bazy danych
- Ochrona danych osobowych
Każdy z obszarów tematycznych jest szczegółowo podzielony na działania, czas ich trwania, zakres, termin, liczbę osób do przeszkolenia i szkolących oraz rezultat jaki ma być osiągnięty. Dla przykładu, w ramach planu działań dla Mołdawii zaplanowano osiem dużych obszarów tematycznych, podzielonych na 27 działań: od ochrony danych osobowych, zarządzania projektami UE, zarządzania strategicznego w organach porządku publicznego, poprzez zwalczanie przestępczości ekonomicznej, transgranicznej, na szeroko rozumianych aspektach kryminalistyki kończąc. W chwili obecnej zakończyły się już szkolenia w obszarze zarządzania projektami: wizyta studyjna w Polsce (23-28 listopada 2014 r.) i kontynuacja tego szkolenia w Kiszyniowie (17-21 marca 2015 r.), oraz pierwsze szkolenie z ochrony danych osobowych (30 marca - 3 kwietnia 2015 r.). Kolejne działanie odbywać się będzie pod koniec maja w Kiszyniowie i będzie kontynuacją szkolenia z praktycznych aspektów ochrony danych osobowych w pracy policji.
Raz do roku wszyscy uczestnicy Programu spotykają się podczas Komitetów Sterujących, aby ocenić rezultaty podejmowanych działań. Pierwszy Komitet Sterujący odbył się 16 października 2014 roku w Warszawie, kolejny odbędzie się w Kiszyniowie na jesieni 2015 r