W imieniu Ministerstwa Spraw Zagranicznych (wcześniej Urzędu Komitetu Integracji Europejskiej i Biura Pełnomocnika Rządu ds. Integracji Europejskiej oraz Pomocy Zagranicznej) Fundacja Fundusz Współpracy administruje programem Counterpart Funds (CPF).
Program finansowany jest ze środków bezzwrotnej pomocy zagranicznej pochodzących z odsprzedaży pomocy rzeczowej dla Polski. Są to głównie fundusze złotowe Komisji Europejskiej, przekazane na mocy kolejnych umów (Memorandum of Understanding), a także środki przekazane Rządowi RP na mocy porozumień i umów bilateralnych ze Szwajcarią, Włochami, Japonią, Australią, Austrią i USA.

